茎基腐病是番茄秧苗移栽田间后从缓苗到生长期的病害。茎基腐病的发病在苗期，定植田间后因移栽生长时较弱时发病逐渐加重。感病是在地上部刚出土表的部位。茎杆基部溢缩后变暗黑腐烂。拔出病苗，根系良好，只是接触地表部分病变。因茎杆基部输导组织感病，秧苗出现营养供应不足，逐渐萎蔫而死亡。生产中保护地棚室、越夏种植方式的番茄均有发生。此病主要与栽培方式、施肥的腐熟情况、浇水的时间、水量有关。定植后的生长发育期感病，除茎基部变褐黑色坏死外，病部以上叶片变黄褐色，逐渐枯死，叶片多残留在枝干上不脱落。
生产中番茄苗期茎基腐病容易与猝倒病混淆。虽然他们均是出土后发病茎基部感病但是猝倒病幼茎基部呈水浸状，黄褐至暗绿色，随后软化腐烂，病茎溢缩幼苗倒折。猝倒比茎基腐病倒折速度要快，病重时成片倒伏损失惨重。
发病原因:
茎基腐病属于腐生疫霉菌，卵孢子随病残体越冬。高温高湿、多雨、低洼黏重的土壤发病重。通过浇水、雨水传播蔓延，进行再侵染。种植中平畦定植番茄，浸浇大水、加之使用未腐熟的有机肥地面感染，随水污染秧苗，定植时浇水温差大，夏季气温较高，秧苗长时间在炎热高温污水环境下浸泡和蒸腾造成茎基腐病大发生。严重的损失3－4成的秧苗，造成缺苗断垄，毁种现象发生普遍。
1. 生态防治：
①高垄栽培，膜下暗灌，浇水时浸浇小水。高温季节采用高垄栽培浇水可以避免井水的冷刺激，井水从沟中浸水到垄上水温已经缓和了许多温差，不会造成秧苗茎杆基部的温度剧烈刺激，降低幼苗的抗病性。也不会受浸泡的干扰感病。
②把好浇水关；定植早晨早浇水。越夏种植的番茄，一般定植时间多在7月下旬或8月初。此时的天气温度正值北方的高温盛夏季节，棚室的温度可高达60℃左右，低温也在50℃左右，抽上来的井水温度一般在15左右，中午浇水会对定植的秧苗在大于40℃土壤环境里直接冷刺激，给本已因移栽幼嫩秧苗易损害的状况又雪上加霜。病菌就会乘虚而入。因此越夏栽培的浇水可尽量提早在清晨以减少温差。早春栽培的应尽可能的棚膜晒水提温浇苗。
③基肥深施入土；将腐熟好的有机肥与秸秆等一起深施入土、耙好，不要让有机肥，尤其是没有腐熟好的圈肥暴露在土壤表层，它会因高温产生有害气体对秧苗造成危害和污染。
④清除病残体。
⑤及时排水。
2. 药剂防治：
①定植前药剂封闭土壤表面即：配制68％金雷水分散粒剂500倍液，对定植田间定植穴坑进行封闭土壤表面喷施，而后进行秧苗定植，这种方法是当期菜农科技示范户实践中得出的最有效的防病经验。或进行营养土消毒配方；选用没有种过蔬菜的大田土与腐熟的有机肥按6：4混均匀，并按50公斤苗床土中加入杀菌剂68％金雷水分散粒剂20克和2.5％适乐时悬浮剂10毫升拌土一起过筛混均。用这样的土壤装营养钵或铺在育苗畦上，即可避免苗期的猝倒与茎基腐病的发生。
②苗床土壤消毒；在营养盘或苗床上喷洒或淋灌杀菌药剂，可选用68％金雷水分散粒剂600倍液，或72％克抗灵可湿性粉剂800倍液，或69％安克可湿性粉剂600倍液，或72.2%普力克水剂600倍液。
③移栽前淋灌或浸盘。除在育苗时配好消毒苗床土消毒防治茎基腐病及苗期病害外，在移栽田间前应对定植苗进行预防用药。对苗盘育苗的番茄可以用配好的68％金雷水分散粒剂600倍液进行浸盘浸根防治，即将配好的药液放置在一个大盆或开放的方形容器里，将苗盘放置盆中浸泡5分钟充分吸取药液后即可移栽。营养土育苗的番茄可以采取淋灌方式，如图29在移栽前后均可进行，最好在移栽前淋灌主动预防效果好一些。
④定植后发生病害后应及时救治，保苗救秧。可选用可选用68％金雷水分散粒剂600倍液，或72％克抗灵可湿性粉剂800倍液，或69％安克可湿性粉剂600倍液，或72.2%普力克水剂600倍液。或66.8％霉多克可湿性粉剂等喷雾或淋灌。
